Wzniesienie parku wiatrowego jest kosztownym i skomplikowanym przedsięwzięciem organizacyjnym, które wymaga analiz technicznych, prawnych, podatkowych, z zakresu zamówień publicznych oraz inwestycyjnych, już na wstępnym etapie planowania. Kiedy tych analiz brakuje, albo gdy niektóre z nich są niekompletne, proces inwestycyjny może być poważnie zakłócony ergo  co najmniej droższy.

Brak analiz mógł narazić na dotkliwe skutki finansowe tych operatorów elektrowni wiatrowych, którzy budowali elektrownie przed rokiem 2005.

Do roku 2005 niektóre gminy pobierały 2% podatek od nieruchomości, obliczany jednak nie tylko od wartości gruntu, lecz także od wartości wszystkich urządzeń wiatraka, w tym jego najdroższego elementu – generatora. (por. na  temat tej kontrowersji uzasadnienie wyroku WSA w Szczecinie sygn. akt: I SA/Sz 108/04, wyroku NSA sygn. akt: II FSK 51/2006 oraz pismo MF z dnia 17 marca 2007 r. PL-833/35/07/IP/346).

Taka metoda poboru podatku mogła okazać się zaskakująca. Na skutek zmiany prawa, tak niekorzystnej metody nie można już stosować, a planowanie podatkowe należy skupić na innych obszarach.
Obecnie, podatek od nieruchomości oblicza się od wartości samego gruntu i masztu.

Dostawa i montaż a podatek VAT

Sfera rozliczeń podatku VAT od zakupów inwestycyjnych dotyczących wzniesienia i uruchomienia elektrowni wiatrowej wymaga precyzyjnego planowania podatkowego.

Urządzenia takiej elektrowni są zazwyczaj sprowadzane do Polski z obszaru Unii Europejskiej, a producent zapewnia montaż urządzeń w Polsce. Czynności te stanowią przeważającą część kosztów uruchomienia elektrowni i dlatego konieczne jest właściwe planowanie podatkowe transakcji dostawy tak, aby nie angażować środków operatora elektrowni w podatek VAT rozliczany w związku z dostawą, bez  potrzeby.    Preferować należy takie metody dostawy i wzniesienia elektrowni, które nie będą wymagały „fizycznego” odprowadzenia podatku VAT i późniejszego rozliczenia podatku naliczonego przez operatora elektrowni, tym bardziej, że niektóre schematy transakcji wewnątrzwspólnotowych pozwalają na przeprowadzenie dostawy elektrowni wiatrowych niemalże w całości neutralnej dla nabywcy, z punktu widzenia obciążeń w podatku VAT.

Warto o tym pamiętać, ponieważ zastosowanie standardowych schematów rozliczeń  (w tym schematów krajowych) może oznaczać zamrożenie kwoty podatku naliczonego, wynikającego z rachunków / faktur dostawcy.

Procedura zwrotu podatku przez polskie albo zagraniczne organy skarbowe jest niezwykle uciążliwa. Zwrot często poprzedza drobiazgowa kontrola jego zasadności.

Finansowanie inwestycji 

Także sposób finansowania budowy parku wiatrowego wymaga planowania podatkowego. Uruchomienie pierwszych wiatraków następuje w zasadzie ze środków własnych, gdyż korzystanie z kredytów nie jest opłacalne. Zatem, przyszły operator elektrowni wiatrowej –  na przykład polska spółka kapitałowa – może uzyskać kwotę potrzebną na zakup wiatraków z kapitału zakładowego pochodzącego  od swego udziałowca. Jednakże,  metoda ta trwale angażuje i zamraża bardzo poważne środki przekazane spółce, której zadaniem jest prowadzenie działalności operacyjnej a nie akumulacja i zabezpieczenie kapitału. Dlatego też nasuwają się inne, elastyczne metody finansowania inwestycji, np. pożyczka. Warto także rozważyć takie sposoby uruchomienia elektrowni, aby spółka kapitałowa otrzymała w najem bądź w leasing kosztowne urządzenia elektrowni wiatrowej.

Każde z tych rozwiązań ma zalety i wady z punktu widzenia prawa podatkowego. Z udzieleniem pożyczki wewnątrz grupy kapitałowej mogą się wiązać niejasne i skomplikowane ograniczenia dotyczące zakazu zaliczania części odsetek do kosztów uzyskania przychodów pożyczkobiorcy (regulacja niedostatecznej kapitalizacji). Z drugiej strony, najem i leasing urządzeń elektrowni przez podmiot zagraniczny na rzecz operatora elektrowni w Polsce angażuje poważne zasoby organizacyjne na potrzeby rozliczenia dochodów transgranicznego najmu czy leasingu.